# Diffusion Motion Lab — referencias / references

Revisión científica / Scientific review: **4 October 2026**.

## Naturaleza de la colección / Nature of this collection

Las 17 escenas son diseños originales de esquemas y simulaciones pedagógicas. Las trayectorias, fases, decaimientos y distribuciones sirven para explicar causas y limitaciones. No son adquisiciones experimentales, no verifican un espectrómetro y no acreditan una identificación molecular.

All 17 scenes are original pedagogical diagrams and simulations. Paths, phases, decays and distributions illustrate mechanisms and limitations. They are not experimental acquisitions, instrument verification or evidence of molecular identification.

El mapa D–T₂ aportado por el usuario es una imagen externa. La figura sola no permite deducir las condiciones, calibración ni estado de validación. El archivo `assets/DT2_map_10_provenance.json` conserva la revisión previa de metadatos de adquisición: experimento histórico de 2025, cuatro transitorios y 27.768 s para la adquisición completa. Esos datos deben atribuirse a la procedencia, sin convertirlos en una afirmación de adquisición de un solo scan. La reconstrucción numérica exacta y la calibración cuantitativa no se verificaron en esta colección. El mapa D–T₂ no aporta por sí mismo un eje de desplazamiento químico.

The user-supplied D–T₂ map is an external image. Conditions, calibration and validation status cannot be inferred from the figure alone. `assets/DT2_map_10_provenance.json` preserves a prior acquisition-metadata review: a historical 2025 experiment, four scans and 27.768 s for the complete acquisition. Attribute these facts to that provenance without claiming single-scan acquisition. Exact numerical reconstruction and quantitative calibration were not verified for this collection. A D–T₂ map by itself does not supply a chemical-shift axis.

## Fuentes primarias / Primary sources

Se revisaron registros de editor, resúmenes de artículos originales y textos completos alojados por los autores. Los niveles de acceso están documentados en `physics-catalog.json`; “resumen” no significa que se haya revisado toda la secuencia experimental. No se redistribuyen artículos, figuras publicadas, datos originales ni programas de pulsos privados.

Publisher records, original-article abstracts and author-hosted full texts were reviewed. Access levels are documented in `physics-catalog.json`; “abstract” does not mean the entire experimental sequence was reviewed. Published papers, published figures, original data and private pulse programs are not redistributed.

- **Einstein (1905), Brownian motion**. [Primary source](https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/andp.19053220806) · DOI: 10.1002/andp.19053220806. Escenas / Scenes: `brownian`. Movimiento browniano libre; separación de geometría y escala de pantalla. / Free Brownian motion; distinguish geometry and screen scale.

- **Hahn (1950), Spin Echoes**. [Primary source](https://journals.aps.org/pr/abstract/10.1103/PhysRev.80.580) · DOI: 10.1103/PhysRev.80.580. Escenas / Scenes: `spin-echo`. Refocalización del desfase estático. / Static-dephasing refocusing.

- **Bloch (1946), Nuclear Induction**. [Primary source](https://journals.aps.org/pr/abstract/10.1103/PhysRev.70.460) · DOI: 10.1103/PhysRev.70.460. Escenas / Scenes: `pulse-90`. Magnetización y giro bajo RF; fórmula seno como modelo ideal. / Magnetization and RF rotation; sine response as an ideal model.

- **Torrey (1956), Bloch Equations with Diffusion Terms**. [Primary source](https://journals.aps.org/pr/abstract/10.1103/PhysRev.104.563) · DOI: 10.1103/PhysRev.104.563. Escenas / Scenes: `spin-echo, gradients-b`. Difusión incorporada a la evolución de magnetización. / Diffusion included in magnetization evolution.

- **Stejskal & Tanner (1965), Spin Diffusion Measurements**. [Primary source](https://doi.org/10.1063/1.1695690) · DOI: 10.1063/1.1695690. Escenas / Scenes: `gradients-b, attenuation-mixture`. Historia de gradientes y límite PGSE rectangular. / Gradient history and the rectangular-PGSE limit.

- **Jerschow & Müller (1997), Suppression of Convection Artifacts: Double Stimulated Echo**. [Primary source](https://research.jku.at/en/publications/suppression-of-convection-artifacts-in-stimulated-echo-diffusion-/) · DOI: 10.1006/jmre.1997.1123. Escenas / Scenes: `convection`. Doble eco estimulado para compensación de convección. / Double stimulated echoes for convection compensation.

- **Day (2011), On the inversion of diffusion NMR data: Tikhonov regularization and optimal choice of the regularization parameter**. [Primary source](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21683632/) · DOI: 10.1016/j.jmr.2011.05.014. Escenas / Scenes: `ilt`. Regularización de la inversión exponencial. / Regularization of exponential inversion.

- **Cherni, Chouzenoux & Delsuc (2017), PALMA**. [Primary source](https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2017/an/c6an01902a) · DOI: 10.1039/C6AN01902A. Escenas / Scenes: `ilt`. Inversión con regularización híbrida de entropía y norma ℓ₁. / Inversion with hybrid entropy and ℓ₁ regularization.

- **Shrot & Frydman (2008), Single-scan 2D DOSY NMR spectroscopy**. [Primary source](https://www.weizmann.ac.il/chemphys/Frydman_group/sites/chemphys.Frydman_group/files/publications/paper82.pdf) · DOI: 10.1016/j.jmr.2008.09.011. Escenas / Scenes: `ultrafast, spen`. Codificación espacial de q y lectura EPSI. / Spatial q encoding and EPSI readout.

- **Guduff et al. (2017), Spatially encoded 2D and 3D diffusion-ordered NMR spectroscopy**. [Primary source](https://spindynamics.org/publications/060_kuprov_2016.pdf) · DOI: 10.1039/C6CC09028A. Escenas / Scenes: `ultrafast, spen`. DOSY espacial 2D y 3D. / Spatial 2D and 3D DOSY.

- **Ahola et al. (2015), Ultrafast multidimensional Laplace NMR**. [Primary source](https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4595760/) · DOI: 10.1038/ncomms9363. Escenas / Scenes: `dt2`. Experimento ultrafast de RMN Laplace D–T₂. / Ultrafast D–T₂ Laplace-NMR experiment.

- **Lorandel et al. (2025; online 2024), Speedy Component Resolution Using Spatially Encoded Diffusion NMR Data**. [Primary source](https://analyticalsciencejournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/mrc.5488) · DOI: 10.1002/mrc.5488. Escenas / Scenes: `overlap-joint, spen`. SCORE y OUTSCORE aplicados a datos SPEN. / SCORE and OUTSCORE applied to SPEN data.

- **Accounting for gradient non-uniformity in spatially-encoded diffusion-ordered NMR spectroscopy (2023)**. [Primary source](https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1090780723001787) · DOI: 10.1016/j.jmr.2023.107543. Escenas / Scenes: `spen`. El gradiente espacial no uniforme modifica la codificación efectiva. / Spatially nonuniform gradients change effective encoding.

- **Mitra et al. (1992), Diffusion propagator as a probe of the structure of porous media**. [Primary source](https://journals.aps.org/prl/abstract/10.1103/PhysRevLett.68.3555) · DOI: 10.1103/PhysRevLett.68.3555. Escenas / Scenes: `restricted`. Propagador de difusión en medios porosos. / Diffusion propagators in porous media.

- **Kärger (1969), Diffusion in a two-region system using pulsed field gradients**. [Primary source](https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/andp.19694790102) · DOI: 10.1002/andp.19694790102. Escenas / Scenes: `exchange`. Intercambio entre dos regiones con difusión distinta. / Exchange between two regions with different diffusion.

- **Basser, Mattiello & LeBihan (1994), MR diffusion tensor spectroscopy and imaging**. [Primary source](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/8130344/) · DOI: 10.1016/S0006-3495(94)80775-1. Escenas / Scenes: `anisotropy`. Tensor de difusión y dependencia direccional. / Diffusion tensors and directional dependence.

El original de Stejskal–Tanner se leyó en una copia del PDF editorial [alojada aquí](https://mriquestions.com/uploads/3/4/5/7/34572113/stejskal_and_tanner1965.pdf), porque el enlace del editor devolvía error. Se usa el artículo original como fuente; no se usa el texto editorial de la web que lo aloja.

The original Stejskal–Tanner publisher PDF was read through the [mirror here](https://mriquestions.com/uploads/3/4/5/7/34572113/stejskal_and_tanner1965.pdf), because the publisher link returned an error. The original paper is the source; the hosting site's commentary is not used.

## Convenciones físicas / Physical conventions

- Usamos γ angular (rad s⁻¹ T⁻¹), de modo que q=γ∫G_eff dt está en rad/m. No añadir otro factor 2π. Internamente D en m²/s, gradientes en T/m, tiempos en s y b en s/m².
- We use angular γ (rad s⁻¹ T⁻¹), so q=γ∫G_eff dt is in rad/m. Do not add an extra 2π. Internal units are D in m²/s, gradients in T/m, times in s and b in s/m².
- El gradiente efectivo incluye la vía de coherencia de pulsos RF idealizados. En almacenamiento longitudinal del STE, G_eff=0 pero el q acumulado permanece; ese intervalo sigue contribuyendo a ∫q²dt.
- The effective gradient follows the idealized RF coherence pathway. During longitudinal STE storage, G_eff=0 but accumulated q persists; that interval still contributes to ∫q²dt.
- La expresión b=∫q²dt con E=exp(−bD) supone eco balanceado, gradientes lineales y difusión libre gaussiana. Las limitaciones están indicadas por escena. RF finita, restricciones, intercambio, convección o gradiente no uniforme exigen revisar el modelo.
- b=∫q²dt with E=exp(−bD) assumes a balanced echo, linear gradients and free Gaussian diffusion. Scene-specific limits are explicit. Finite RF, restriction, exchange, convection or nonuniform gradients require model review.
- γ²G²δ²(Δ−δ/3) corresponde a PGSE rectangular ideal y Δ entre comienzos de los lóbulos. Los nombres Bruker p30, d20, d5 u otros no fijan universalmente estos tiempos físicos.
- γ²G²δ²(Δ−δ/3) is for ideal rectangular PGSE with Δ between lobe onsets. Bruker p30, d20, d5 and other parameter names do not universally define those physical times.
- En SPEN se necesita q(z,t), b(z) y, según la implementación, dependencia espectral. La lectura EPSI y un mapa D–T₂ no son intercambiables con todo DOSY ni con toda técnica ultrafast.
- SPEN needs q(z,t), b(z) and potentially spectral dependence. EPSI readout and D–T₂ maps are not interchangeable with every DOSY or ultrafast technique.

## Desarrollo local / Local development

Sólo se consultaron en lectura `README.md` y `AUDITORIA_METODO_UF_DT2_CS_2026-09-19.md` del directorio privado de desarrollo. Las fuentes locales describen **UF D–T₂–δ EPSI 9.4, revisión 2 (20/09/2026)**, dirigido a Avance III 500, TopSpin 3.8.0, adquisición analógica y gradiente z. Mantienen explícitamente estado **NO-GO cuantitativo** hasta comprobaciones en consola. Esta revisión no ejecutó hardware ni volvió a auditar cada pulso.

Only `README.md` and `AUDITORIA_METODO_UF_DT2_CS_2026-09-19.md` from the private development directory were read. They describe **UF D–T₂–δ EPSI 9.4, revision 2 (2026-09-20)**, targeting Avance III 500, TopSpin 3.8.0, analog acquisition and a z-gradient. They explicitly retain **quantitative NO-GO** status pending console checks. This review did not operate hardware or re-audit every pulse.

La escena `prototype-1d` muestra bloques funcionales y las etapas pendientes; no publica el programa de pulsos, valores privados, tablas de datos, guías internas ni archivos de adquisición. No implica validación en TopSpin 3.6.4.

The `prototype-1d` scene shows functional blocks and pending stages; it publishes no pulse code, private values, data tables, internal guides or acquisition files. It does not imply validation in TopSpin 3.6.4.

## Simulaciones calculadas v2 / Computed v2 simulations

- **Yoav Shrot et al. (2008), Single-scan 2D DOSY NMR spectroscopy**. [Primary source](https://www.weizmann.ac.il/chemphys/Frydman_group/sites/chemphys.Frydman_group/files/publications/paper82.pdf) · DOI: 10.1016/j.jmr.2008.09.011.
  ES: Codificación local de fase, b espacial y lectura EPSI para obtener perfiles por resonancia. El desplazamiento químico afecta la posición efectiva; el ajuste utiliza perfiles normalizados.
  EN: Local phase encoding, spatial b and EPSI readout to obtain resonance-specific profiles. Chemical shift affects effective position; fitting uses normalized profiles.

- **Ludmilla Guduff et al. (2017), Spatially encoded 2D and 3D diffusion-ordered NMR spectroscopy**. [Primary source](https://pubs.rsc.org/en/content/articlehtml/2017/cc/c6cc09028a) · DOI: 10.1039/C6CC09028A.
  ES: SPEN acelera DOSY con resolución química y puede extenderse a tres dimensiones. Duración de adquisición, gradientes y errores sistemáticos limitan la resolución y la exactitud.
  EN: SPEN accelerates chemically resolved DOSY and extends to three dimensions. Acquisition duration, gradients and systematic errors limit resolution and accuracy.

- **Corentin Jacquemmoz et al. (2022), Optimisation of spatially-encoded diffusion-ordered NMR spectroscopy for the analysis of mixtures**. [Primary source](https://analyticalsciencejournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mrc.5194) · DOI: 10.1002/mrc.5194.
  ES: Derivación del b local y desplazamiento químico; parámetros EPSI, inversión de polaridad, fase y compensación de convección. Al separar polaridades, el intervalo espectral es dos lóbulos; ancho y resolución dependen de tiempos distintos.
  EN: Local b and chemical-shift derivation; EPSI parameters, polarity reversal, phase and convection compensation. With polarities separated, spectral sampling spans two lobes; width and resolution depend on different times.

- **Benjamin Lorandel et al. (2023), Accounting for gradient non-uniformity in spatially-encoded diffusion-ordered NMR spectroscopy**. [Primary source](https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1090780723001787) · DOI: 10.1016/j.jmr.2023.107543.
  ES: La no uniformidad del gradiente altera las atenuaciones espaciales y los D aparentes. Una corrección cuantitativa necesita una caracterización del campo, además del perfil de sensibilidad.
  EN: Gradient nonuniformity changes spatial attenuations and apparent D. Quantitative correction needs field characterization in addition to a sensitivity profile.

- **Susanna Ahola et al. (2015), Ultrafast multidimensional Laplace NMR for a rapid and sensitive chemical analysis**. [Primary source](https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4595760/) · DOI: 10.1038/ncomms9363.
  ES: Difusión espacial seguida de imágenes en cada eco CPMG produce datos D–T₂. Normalización del perfil, sensibilidad y homogeneidad requieren atención; D–T₂ y desplazamiento químico son coordenadas distintas.
  EN: Spatial diffusion encoding followed by imaging at each CPMG echo yields D–T₂ data. Profile normalization, sensitivity and homogeneity matter; D–T₂ and chemical shift are different coordinates.

- **Susanna Ahola et al. (2017), Ultrafast NMR diffusion measurements exploiting chirp spin echoes**. [Primary source](https://oulurepo.oulu.fi/handle/10024/22316) · DOI: 10.1002/mrc.4540.
  ES: El b de UF-PGSE depende del historial chirp. Una aproximación convencional puede sesgar D; variantes bipolares y de eco estimulado modifican las correcciones.
  EN: UF-PGSE b depends on chirp history. A conventional approximation can bias D; bipolar and stimulated-echo variants change the corrections.

- **Mateusz Urbańczyk et al. (2020), Accelerating Restricted Diffusion NMR Studies with Time-Resolved and Ultrafast Methods**. [Primary source](https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7439255/) · DOI: 10.1021/acs.analchem.0c01523.
  ES: Gradientes permutados y ventanas solapadas permiten difusión resuelta en tiempo o en parámetros. Ventanas grandes promedian cambios; pequeñas empeoran el ajuste. UF mide una curva espacial por adquisición, con costes de sensibilidad y perfil.
  EN: Permuted gradients and overlapping frames support time- or parameter-resolved diffusion. Large frames average changes; small frames weaken fitting. UF measures a spatial decay per acquisition, with sensitivity and profile costs.

- **Kristina Kristinaityte et al. (2022), Deeper Insight into Photopolymerization: The Synergy of Time-Resolved Nonuniform Sampling and Diffusion NMR**. [Primary source](https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.2c05944) · DOI: 10.1021/jacs.2c05944.
  ES: Ejemplo experimental publicado de seguimiento de fotopolimerización mediante difusión y TR-NUS. Es una aplicación de la bibliografía, no datos ni validación del laboratorio simulado.
  EN: Published experimental application of diffusion and TR-NUS to photopolymerization monitoring. This is a literature application, not data or validation of the simulated laboratory.